Kesme () Enzimleri, dna belirli bir sıra, örneğin, Bam H1 tanıma sonra hidrolizleyen bir sınıf (5´GGATCC3´), eko RI (5´GAATTC3´) ve Hin dIII (5´AAGCTT3´). Kısıtlama endonükleaz enzimler üç tür vardır:

tip ı: olmayan özellikle bir mesafe 1000 bp, tanıma sırasındaki büyük kesintiler ve kısıtlama ve metilasyon faaliyetleri içerir.

Tip II: Kesim, ya da kısa ve çoğu kez palindromik (q.v.), tanıma sırası. a ayrı enzim aynı tanıma sırası methylates. Onlar iki dna iplikçiklerini tam karşısında bir başka kesim yapmak ve künt oluşturmak biter veya yapışkan uçları oluşturmak için Damalı kesim yapabilir. Tip II enzimleri rekombinant DNA teknolojisi yaygın olarak yararlanan kişilerdir.

Tip III: 24-26 bp aşağı kısa, asimetrik tanıma sırasındaki keser. atp gerektirir ve kısıtlama ve metilasyon faaliyetleri içerir.